総人口230万人、東京都西部のほとんどを占める巨大な都市。その人口の約八割が学生ということから、「学園都市」と呼ばれるその都市では、超能力の開発が行われていた。特殊な授業(カリキュラム)を受け、能力を得た学生たちは、定期的な身体検査(システムスキャン)によって、「無能力(レベル0)」から「超能力(レベル5)」の6段階に評価されている。その頂点に立ち、最強と謳われるのが、七人の「超能力者(レベル5)」である。そのひとり、御坂美琴。『電撃使い(エレクトロマスター)』最上位の能力者にして「超電磁砲(レールガン)」の異名を持つ彼女は、名門お嬢さま学校・常磐台中学に通う14歳の女子中学生。後輩で「風紀委員(ジャッジメント)」の白井黒子たちと、学園都市的日常生活を送っていた──。この物語は、平和で平凡で、ちょっぴり変わった能力者の少女たちの日常を描くものである。